Running R - Quarto: a nova geração do R Markdown

Sobre o Quarto

Quarto é um novo sistema de publicação científica e técnica de código aberto. O objetivo desse sistema é fazer o processo de criação de documentos e colaboração muito melhor. Quarto capacita o usuário a tecer um documento com conteúdo de texto e código executável junto.

Segundo Quarto, o sistema pode ser definido como:

“Quarto é uma versão multilíngue da próxima geração do R Markdown (do RStudio) e inclui dezenas de novos recursos, ao mesmo tempo em que é capaz de renderizar a maioria dos arquivos .Rmd existentes sem modificação.”

O Quarto tem a vantagem de unificar e estender o ecossistema do R Markdown, portanto, ele serve bem tanto para quem já faz uso diário do R Markdown como para não usuários do R Markdown.

A redação de textos continua sendo a linguagem de marcação Markdown e também com o uso de chunks para a edição de códigos. Portanto, o Quarto pode ser utilizado por pesquisadores, desenvolvedores e educadores.

Como funciona o sistema Quarto

O Quarto funciona em diferentes linguagens de programação como o R, Python, Julia e Observable e os arquivos podem ser compartilhados por colaboradores que utilizam diferentes linguagens.

O Quarto produz diferentes arquivos como PDF, HTML, Word, sites, livros, apresentações, artigos científicos e blogs.

Um documento Quarto chamado de .qmd é convertido através de um sistema chamado Pandoc que utiliza o documento de texto Markdown com códigos .qmd e transformaele em documentos PDF, Word, HTML, etc. Veja o esquema de ilustração abaixo.

Vantagens em relação ao R Markdown

O R Markdown conta com diversos pacotes que podem ser baixados no R para executar diveras funções, entre eles, blogdown, rticles, xaringan, distill, knitr, bookdown, flexdashboard e rsconnect. A vantagem do Quarto em relação a isso, é que ele unifica a funcionalidade de todos esses pacotes em uma interface de linha de comando sem precisar fazer o download desses pacotes.

O Quarto conta com uma implementação atrativa de output como:

Tabsets e callouts
Code-folding
Sintax highlights
Sintaxe informativa de erros
Suporte para outras linguagens
Chunks organizados

O Quarto permite fazer a mudança de formatos (por exemplo, de PDF para HTML) facilmente. No YAML do arquivo, podemos subsituir e trocar o output de interesse sem modificar o conteúdo de nosso documento.

Opções de configuração para todo o documento podem ser definidas no próprio YAML através da função execute. Essa é mais uma vantagem em relação ao R Markdown em que é preciso definir um código mais complexo no início do documento.

O site Quarto Pub torna o processo de publicação online de arquivos HTML muito mais fácil apenas usando o comando quarto publish quarto-pub no Terminal do RStudio.

Estrutura de um documento em Quarto

A estrutura geral dos documentos em Quarto são três: cabeçalho .yml, texto e código.

Cabeçalho .yml: cabeçalho com as informações do tipo de documento (PDF, HTML, Word, etc.), autoria, título, subtítulo, data, e formatações como espaçamento, arquivos de bibliografia, entre outros.
Texto: usado com a sintaxe Markdown;
Códigos: códigos executáveis que são digitados dentro de Chunks e multilíngue, pois podem ser usados em linguagem Python, R, Julia, e outros.

    flowchart LR

      id1(Documento Quarto) <--> id2(Cabeçalho .yml)
      id1(Documento Quarto) <--> id3(Texto)
      id1(Documento Quarto) <--> id4(Códigos)
      
      style id1 fill:#B0DAFF,stroke:#333,stroke-width:3px
      style id2 fill:#FEFF86,stroke:#333,stroke-width:3px
      style id3 fill:#FEFF86,stroke:#333,stroke-width:3px
      style id4 fill:#FEFF86,stroke:#333,stroke-width:3px

Criação de websites

Com o Quarto você pode criar e publicar sites de forma muito rápida e fácil. Para isso você pode seguir essas etapas:

Clique em File na aba de ferramentas do RStudio;
Clique em New Project e New Directory;
Clique em Quarto Website.

Após isso, você indicará o diretório do computador em que irá hospedar o seu projeto. No projeto você encontrará dois arquivos .qmd e um arquivo .yml. Nos arquivos .qmd você adicionará os conteúdos do seu site e no arquivo .yml você adicionará as configurações do seu site como apresentado na figura abaixo:

Arquivo _quarto.yml

project:
  output-dir: _output

toc: true
number-sections: true
bibliography: references.bib  
  
format:
  html:
    css: styles.css
    html-math-method: katex
  pdf:
    documentclass: report
    margin-left: 30mm
    margin-right: 30mm

Nesse arquivo .yml você também encontra essas principais estruturas de configuração:

Project: indicação do tipo (type) de projeto, no caso, website;
Website: Configurações do site, como título (title), abas (navbar), conteúdo presente em cada aba href (arquivos .qmd), localização das abas no lado esquerdo (left) ou direito, etc;
Format: tipo de arquivo (HTML), o tema (theme) para estética do site, a indicação do arquivo css, entre outros estilos;
Lang: língua do website (português, inglês, espanhol, etc.).

Veja esse outro exemplo de um cabeçalho YAML que contém diversos tipos de configurações:

Exemplo de cabeçalho YAML

---
title: "Meu primeiro relatório" # -----> Título
subtitle: "Exemplo: Relatório em Quarto" # -----> Subtítulo
author: "Ariane Hayana" # -----> Autoria
date: "2023-02-08" # -----> Data de publicação
date-format: short # -----> Formato de data curto: dd/mm/aaaa
lang: pt # -----> Linguagem: português
format: 
  html: 
    code-fold: true # -----> code-fold: `true` para "ocultar" o bloco de códigos
    theme: 
      light: [pulse,custom.scss] # Tema modo claro
      dark: [cyborg,custom.scss] # Tema modo escuro
title-block-banner: true # -----> Estilo de banner no topo do documento
bibliography: references.bib # -----> Referências do documento
---

Detalhes sobre as configurações do cabeçalho .yml abaixo:

date-format: formato curto de data. Existem diversos formatos possíveis que podem ser consultados em Quarto.org;
lang: identifica o idioma principal do documento. Outras idiomas podem ser o espanhol (lang: es), o inglês (lang: en) e francês (lang: fr), por exemplo;
code-fold: quando igual a true, o bloco de códigos é ocultado, podendo ser consultado ao clicar na palavra “Código”;
theme: light ou dark: tema utilizado em nosso documento. Podemos customizar utilizando um arquivo .scss;
title-block-banner: true: se igual a true, esta configuração insere um bloco de título no estilo de banner no topo do documento;
bibliography: referências utilizadas no documento. Trata-se de um arquivo .bib.

Diagrama explicativo

O diagrama abaixo mostra o processo de criação de websites com as etapas iniciais.

Diagrama com etapas para criação de site no Quarto.

flowchart LR

  A(File) --> B(New File)
  B --> C(New Project)
  C --> D(New Directory)
  D --> F(Quarto Website)

Os arquivos presentes na criação dos websites são o .yml e .qmd. Esses belos diagramas foram criados com a linguagem Mermaid inserida no Quarto e é feito dentro de um chunk.

Diagrama com os conteúdos encontrados nos arquivos do site.

flowchart LR

  id(Quarto Website) --> id1(Arquivo .yml)
  id1(Arquivo .yml) <--> id2(Project)
  id1(Arquivo .yml) <--> id3(Website)
  id1(Arquivo .yml) <--> id4(Format)
  
  style id fill:#F9E2AF
  style id1 fill:#f9f,stroke:#333,stroke-width:4px
  style id2 fill:#bbf,stroke:#f66,stroke-width:2px,color:#080808,stroke-dasharray: 5 5
  style id3 fill:#bbf,stroke:#f66,stroke-width:2px,color:#080808,stroke-dasharray: 5 5
  style id4 fill:#bbf,stroke:#f66,stroke-width:2px,color:#080808,stroke-dasharray: 5 5

flowchart LR

  id(Quarto Website) --> id2(Arquivo .qmd)
  id2(Arquivo .qmd) <--> id3(index.qmd)
  id2(Arquivo .qmd) <--> id4(hello.qmd)
  
  style id fill:#F9E2AF
  style id2 fill:#f9f,stroke:#333,stroke-width:4px
  style id3 fill:#bbf,stroke:#f66,stroke-width:2px,color:#080808,stroke-dasharray: 5 5
  style id4 fill:#bbf,stroke:#f66,stroke-width:2px,color:#080808,stroke-dasharray: 5 5

Algumas dicas especiais do Quarto

No cabeçalho YAML é possível adicionar o argumento code-link: true. Esse argumento permite que os leitores tenham acesso a links dos sites com informações sobre os códigos. Por exemplo, no código ggplot, o leitor poderá clicar nele e acessar o site com informações do pacote ggplot2. Essa funcionalidade pode servir como uma importante ferramenta de ensino.
No formato de apresentações reaveals.js podemos adicionar o argumento chalkboard: true no cabeçalho YAML e obter ferramentas de ensino como quadro-negro e expansão de partes dos slides durante a apresentação.
Citação de referências de pacotes do R.

library(car)
library(ggplot2)
knitr::write_bib(c("car","ggplot2"), "packages.bib")

## Um novo arquivo packages.bib aparecerá na pasta do diretório com as referências.

Encontrar caminhos de pastas com here. Mesmo sem está no diretório da pasta, podemos executar os códigos usando o here.
```
#install.packages("here")
here::here()
here::here("cat.png")
```

Organização de chunks com #|, onde cada argumento de configuração fica um abaixo do outro e não ao lado e separado por vírgula como no R Markdown.

# Exemplo:

# #| echo: true                                  
# #| out.width: "80%"
# #| fig.align: "center"                        
# #| fig.cap: "Um simpático gatinho." 

knitr::include_graphics("cat.png")

Para fazer a mudança de chunks do R Markdown para chunks com #|.

knitr::convert_chunk_header(input = "C:/Users/jeann/Documents/Quarto_R/introducao_quarto/introducao_quarto_markdown.qmd", type
= "multiline")

Adicionar ícones ao texto com o Font Awesome Extension.

— Instalação no terminal do RStudio: quarto install extension quarto-ext/fontawesome

Visite o link para adicionar exemplos de ícones como esse:

Referências

10 dicas para programar melhor em RMarkdown/Quarto

BioC 2022 - Hello, Quarto!

ÇETINKAYA-RUNDEL & LOWNDES QUARTO KEYNOTE

Domestic cat

E aí, vamos falar de Quarto?

Mermaid

Quarto

Quarto Pub